Митохондриальный и ядерный геномы, их значение. Свойства генома эукариот. Характеристика генома человека. Понятие о геномике

Эти белки имеют один или  несколько доменов, обеспечивающих выполнение регуляторных функций.

• ДНК-связывающие домены, ответственные за узнавание и связывание регуляторных факторов со специфическими участками на молекуле ДНК;
• Домены, активирующие транскрипцию за счёт связывания с белками основного инициаторного комплекса: транскрипционными факторами, коактиваторами и РНК-поли-меразой;
• Антирепрессорные домены, благодаря которым белки способны взаимодействовать с гис-тонами нуклеосом и освобождать транскрибируемые участки ДНК от связи с этими ингибиторными структурами; Домены, связывающие лиганды, присоединение которых к белку изменяет его конформацию и обеспечивает связывание с молекулой ДНК. Лигандь1-индукторы транскрипции - стероидные гормоны, ретиноевая кислота, каль-цитриол (производное витамина D₃) и гормоны

Энхансеры - участки ДНК размером 10-20 пар оснований, присоединение к которым регуляторных белков увеличивает скорость транскрипции. Если участки ДНК, связываясь с белками, обеспечивают замедление транскрипции, то их называют сайленсерами.

Эти структурные элементы молекулы ДНК контролируют транскрипцию, даже если они:

• ориентированы на молекуле ДНК в любом направлении (от 5'- к З'-концу или наоборот);
• связываются с одним или несколькими регуляторными белками;
• располагаются перед или после гена, экспрессию которого они регулируют.

Элементы ответа, или cis-элементы - регуляторные последовательности ДНК, общие для группы генов. Они обеспечивают координированную регуляцию транскрипции генов и, как правило, располагаются на расстоянии примерно в 250 пар оснований выше промотора каждого гена. В остальном эти нуклеотидные последовательности имеют много общего с энхансерами. В данном варианте регуляции один и тот же индуктор, связываясь с соответствующим регуляторным белком, может активировать много разных генов, так как каждый из них в регуляторной области содержит один и тот же cis-элемент. Один из белков-продуктов этой группы генов может оказаться индуктором другой группы генов. Конечный результат регуляции - серия ответных реакций за счёт активации различных генов одним индуктором

К генам, регулируемым cis-элементами, относят гены, чувствительные к стероидным гормонам, гены белков теплового шока и многие другие. 

5. . Посттранскрипционная регуляция

В организме животных существенное значение в обеспечении разнообразия белков играет посттранскрипционный процессинг РНК. Основные способы такой регуляции - альтернативный сплайсинг и изменение  стабильности РНК.

Альтернативный сплайсинг. Установлено, что многие эукариотические гены, будучи транскрибированы, образуют несколько вариантов зрелой мРНК в ходе процессинга (или созревания) первичного транскрипта, имеющего полиэкзонное строение.

Наиболее  часто промотор сохраняется на одном  из концов транскрипта, а в ходе сплайсинга происходит "вырезание" одного или  нескольких экзонов. В других случаях  в зрелой мРНК сохраняется часть  интрона и включается в состав экзона с 5' или 3'-конца. Сплайсинг может  влиять на выбор промотора или  участка полиаденилирования.

С помощью альтернативного сплайсинга в процессе синтеза антител образуются мембра-носвязанные и секреторные  формы антител). Так, первоначально  В-лимфоциты продуцируют транскрипты, полиаденилированные после второго  стоп-кодона, а интрон, в котором  имеется первый стоп-кодон, удаляется. В результате синтезируются IgM, связанные  с клеточной мембраной, так как  мРНК таких клеток содержит на 3'-конце  экзон, кодирующий участок полипептидной  цепи, состоящий из гидрофобных аминокислот. С помощью этого участка происходит "заякоривание" IgM в мембране. Когда В-лимфоциты превращаются в плазматические клетки, то в

результате  альтернативного сплайсинга образуется мРНК, в которой сохраняется интрон, содержащий первый стоп-кодон. Поэтому  происходит более раннее полиаденилирование и исчезает экзон, кодирующий гидрофобный  участок молекулы. Синтезируются  укороченные молекулы антител, секретируемые  в кровь.

"Редактирование" РНК. Описан ряд случаев, когда первичная структура мРНК изменяется ("редактируется") после транскрипции. Последовательность нуклеотидов в таких генах одинакова, а транскрибируемая в разных тканях мРНК различается в результате появления в молекуле замен, вставок или выпадений нуклеотидов. Пример "редактирования" РНК - образование апопротеина В (апо-В) в клетках печени и тонкого кишечника (рис. 4-55). Апо-В - основной компонент липопротеинов, участвующих в транспорте триацилглицеринов из этих тканей в кровь. Хотя апопротеин В кодируется одним и тем же геном, вариант белка, образующийся в печени, называют апо-В-100, и он содержит 4563 аминокислотных остатка, тогда как белок, синтезированный в клетках кишечника, состоит из 2152 аминокислот. В гене, кодирующем этот белок, последовательность нуклеотидов в триплете 2153 - САА и шифрует включение в полипептидную цепь остатка глутамина. В клетках кишечника в первичном транскрипте гена азотистое основание - цитозин (С) ко-дона 2153 дезаминируется и превращается в урацил (U). Возникает стоп-кодон - UAA, прекращающий трансляцию мРНК в середине молекулы и приводящий к синтезу укороченного белка. В результате образуется белок (В-48), длина которого составляет 48% от длины белка синтезируемого печенью.

Изменение стабильности мРНК. Для того, чтобы участвовать в синтезе белка, мРНК должна выйти из ядра в цитоплазму через ядерные поры. Установлено, что в ядре клеток обычно синтезируется больший набор гетерогенных РНК, чем тот, что выходит в цитоплазму. Многие продукты транскрипции подвергаются расщеплению нуклеазами, а те мРНК, что, транспортируются из ядра в цитоплазму, защищаются от гидролитического разрушения, образуя комплексы с белками.

Время жизни эукариотических мРНК значительно  больше (t_1/2 составляет от нескольких часов до нескольких дней), чем t_1/2 мРНК прокариотов, равное нескольким минутам. Очевидно, что стабильность молекул мРНК - фактор, изменение которого влияет на уровень трансляции. Стабилизация мРНК при фиксированной скорости транскрипции приводит к накоплению и увеличению количества образующегося белкового продукта.

6. Регуляция трансляции и посттрансляционных 
модификаций

Изменение скорости трансляции

Хотя  изменение скорости образования  белков на уровне трансляции не относят  к числу основных способов регуляции  количества и разнообразия белков, некоторые случаи такой регуляции  известны. Наиболее изученный пример - синтез белков в ретикулоцитах. Известно, что на этом уровне дифференцировки  кроветворные клетки лишены ядра, а  следовательно, и ДНК. Регуляция  синтеза белка-глобина осуществляется только на уровне трансляции и зависит  от содержания тема в клетке Если внутриклеточная  концентрация тема высока, то глобин синтезируется; когда содержание тема снижается, то ингибируется и образование глобина. Остановка синтеза белка осуществляется за счёт фосфорилирования фактора инициации eIF2, который в фосфорилированной форме неактивен. Гем предотвращает фосфорилирование eIF2, связываясь со специфической протеинкиназой, которая получила название гемкиназы.

Некоторые мРНК содержат элементы вторичной структуры  на 5'- или 3'-концах нетранслируемого участка  мРНК, к которым могут присоединяться белки и ингибировать трансляцию. Например, синтез ферритина - белка, обеспечивающего  хранение ионов железа в клетке, усиливается при повышении внутриклеточной  концентрации железа Обнаружено, что  мРНК ферритина на 5'-конце имеет  петли, к которым при низкой концентрации железа присоединяется регудяторный белок. Когда этот белок связан с мРНК, то трансляция не идёт. Если концентрация ионов железа в клетке повышается, то Fe³⁺ взаимодействует с белком, изменяет его конформацию и сродство к мРНК. мРНК освобождается от регуляторного белка, и на ней начинается синтез ферритина.

Различия в продолжительности жизни молекул белка

После того как белки синтезированы, время  их жизни регулируется протеазами. Разные белки имеют разные t_1/2: от нескольких часов до нескольких месяцев, а иногда и лет В каждой клетке скорость расщепления белков варьирует в широких пределах. Ферменты, катализирующие регуляторные реакции метаболических путей, как правило, подвергаются быстрому расщеплению, поэтому скорость обновления этих молекул достаточно высока. Физиологическое состояние организма также влияет на продолжительность жизни белков. Кроме того, существует мощная система защиты, обеспечивающая быстрое расщепление дефектных белков.

Некоторые белки расщепляются лизосомными  ферментами. В процессе аутофагии  содержимое клетки, включая органеллы, окружается мембраной, сливается с  лизосомой другой клетки и подвергается действию лизосомных ферментов.