Энзимология как учение о ферментах. Простые и сложные ферменты

 

К невитаминным коферментам относятся в первую очередь пептидные и нуклеотидные коферменты.

 

Глутатион – кофермент пептидной природы. По химическому строению это трипептид γ–глутамил-цистеинил-глицин. Его реакционная способность определяется SH-группой цистеина, которая легко вступает в окислительно-восстановительные реакции. Поэтому глутатион может находиться в восстановленной (Г-SH) и окисленной (Г-S-S-Г) форме. В клетке глутатион присутствует преимущественно в восстановленной форме. Его основная функция состоит в том, что глутатион защищает SH-группы ферментов от окисления и образует тиолы из дисульфидов.

 

 

Аденозинтрифосфат (АТФ) - кофермент нуклеотидной природы. В его состав входит пуриновое основание аденин, углевод рибоза и три остатка фосфорной кислоты. Это соединение содержит богатые энергией (макроэргические) фосфатные связи и может принимать участие в реакциях синтеза сложных веществ, а также служить донором фосфатной группы.

 

 

Небелковая часть сложного фермента может быть представлена также ионами металлов. Ферменты, содержащие в своём составе ионы металлов, называются металлоферментами (например, α-амилаза включает в свой состав ионы Са2+, которые участвуют в стабилизации пространственной структуры фермента). Удаление этих ионов приводит к потере активности фермента. В других случаях ионы металлов могут служить активаторами ферментов - реакция может происходить и в отсутствие этих ионов.

 

Многие коферменты и простетические группы ферментов являются производными витаминов — органических веществ, которые не синтезируются в организме человека и должны поступать в составе пищевых продуктов. Они называются витаминными коферментами. В молекуле такого кофермента активным компонентом, соединяющимся с переносимой группой, служит именно витамин. Остальная часть молекулы кофермента обеспечивает специфическое связывание с апоферментом в строго определённой ориентации. Заболевания, возникающие у людей при недостатке витаминов в пище, являются следствием нарушений обмена веществ, в результате снижения концентрации коферментов специфических ферментативных реакций.

 

Важнейшими из витаминных коферментов являются:

 

Тиаминдифосфат (ТДФ) является производным витамина В1; участвует в реакциях окислительного декарбоксилирования пировиноградной и α-кетоглутаровой кислот. Его формула приведена на рисунке.

 

 

Пиридоксальфосфат является производным витамина В6; он принимает участие в реакциях трансаминирования аминокислот. Его формула приведена на рисунке.

 

 

Коферменты НАД+ (никотинамидадениндинуклеотид) и НАДФ+ (никотинамидадениндинуклеотидфосфат) содержат в своём составе витамин РР и принимают участие в окислительно-восстановительных реакциях. Восстановленные формы этого кофермента обозначается НАДН и НАДФН соответственно. Формула кофермента НАД+ представлена на рисунке; структура НАДФ+ отличается наличием дополнительной фосфатной группы во втором положении рибозы аденилового нуклеотида.

 

 

Образование восстановленных форм никотинамидных коферментов представлено на схеме:

 

 

Коферменты ФАД (флавинадениндинуклеотид) и ФМН (флавинмононуклеотид) содержат в своём составе витамин В2 и принимают участие в окислительно-восстановительных реакциях. Восстановленные формы этого кофермента обозначается ФАДН2 и ФМНН2 соответственно.

 

 

Коэнзим А (КоА-SH) является производным витамина В3 (пантотеновой кислоты) и участвует в реакциях переноса остатков жирных кислот (реакциях ацилирования).

 

 

5,6,7,8-Тетрагидрофолиевая  кислота (ТГФК) является производным  витамина Вс (фолиевой кислоты) и  участвует в реакциях переноса  одноуглеродных групп: метильной (СН3-), метиленовой (-СН2-), метенильной (-СН=), формильной (-СОН) и некоторых других.

 

 

Метилкобаламин (содержит витамин В12) и также принимает участие в переносе метильной группы.

 

 

Биотин (витамин Н) участвует в активации СО2 и переносе карбоксильных групп (реакциях карбоксилирования).

В настоящее время известно более двух тысяч химических реакций, катализируемых ферментами, и число это непрерывно возрастает. Чтобы ориентироваться в таком множестве превращений. возникла настоятельная необходимость в систематизированной классификации и номенклатуре, при помощи которой любой фермент можно было бы точно идентифицировать. Номенклатура, которой пользовались до середины XX века, была весьма далека от совершенства. Исследователи, открывая новый фермент, давали ему название по своему усмотрению, что неизбежно вело к путанице и всевозможным противоречиям. Некоторые названия оказались ошибочными, другие ничего не говорили о природе катализируемой реакции. Учёные разных школ часто употребляли разные названия для одного и того же фермента или, наоборот, одно и то же название для нескольких разных ферментов.

 

Было решено разработать рациональную международную классификацию и номенклатуру ферментов, которой могли бы пользоваться биохимики всех стран. С этой целью при Международном союзе биохимии и молекулярной биологии (International Union of Biochemistry and Molecular Biology, IUВMB) была создана Комиссия по ферментам, предложившая в 1964 году основные принципы такой классификации и номенклатуры. Она постоянно совершенствуется и дополняется, в настоящее время действует уже шестая редакция этой номенклатуры (1992 год), к которой ежегодно выходят дополнения.

 

Рекомендации Комиссии по ферментам можно найти в Интернете (рисунок 3.1) по адресу: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/index.html .

 

 

 

Рисунок 3.1. Стартовая страница сайта Комиссии по ферментам Международного союза биохимии и молекулярной биологии.

 

В основу классификации положен важнейший признак, по которому один фермент отличается от другого — это катализируемая им реакция. Число типов химических реакций сравнительно невелико, что позволило разделить все известные в настоящее время ферменты на 6 важнейших классов, в зависимости от типа катализируемой реакции. Такими классами являются:

оксидоредуктазы (окислительно-восстановительные реакции);

трансферазы (перенос функциональных групп);

гидролазы (реакции расщепления с участием воды);

лиазы (разрыв связей без участия воды);

изомеразы (изомерные превращения);

лигазы (синтез с затратой молекул АТФ).

 

Ферменты каждого класса делят на подклассы, руководствуясь строением субстратов. В подклассы объединяют ферменты, действующие на сходно построенные субстраты. Подклассы разбивают на подподклассы, в которых ещё строже уточняют структуру химических групп, отличающих субстраты друг от друга. Внутри подподклассов перечисляют индивидуальные ферменты. Все подразделения классификации имеют свои номера. Таким образом, любой фермент получает свой уникальный кодовый номер, состоящий из четырёх чисел, разделённых точками. Первое число обозначает класс, второе - подкласс, третье - подподкласс, четвёртое - номер фермента в пределах подподкласса. Например, фермент α-амилаза, расщепляющая крахмал, обозначается как 3.2.1.1, где:

3 — тип  реакции (гидролиз);

2 — тип  связи в субстрате (гликозидная);

1 — разновидность  связи (О-гликозидная);

1 — номер  фермента в подподклассе (рисунок 3.2).

 

 

 

Рисунок 3.2. Страница сайта Комиссии по ферментам, содержащая информацию об α-амилазе.

 

Вышеописанный десятичный способ нумерации имеет одно важное преимущество: он позволяет обойти главное неудобство сквозной нумерации ферментов, а именно: необходимость при включении в список вновь открытого фермента изменять номера всех последующих. Новый фермент может быть помещён в конце соответствующего подподкласса без нарушения всей остальной нумерации. Точно так же при выделении новых классов, подклассов и подподклассов их можно добавлять без нарушения порядка нумерации ранее установленных подразделений. Если после получения новой информации возникает необходимость изменить номера некоторым ферментам, прежние номера не присваивают новым ферментам, чтобы избежать недоразумений.

 

Говоря о классификации ферментов, следует также отметить, что ферменты классифицируются не как индивидуальные вещества, а как катализаторы определённых химических превращений. Ферменты, выделенные из разных биологических источников и катализирующие идентичные реакции, могут существенно отличаться по своей первичной структуре. Тем не менее в классификационном списке все они фигурируют под одним и тем же кодовым номером.

 

Знание кодового номера фермента позволяет:

устранить неоднозначности, если разные исследователи используют одно и то же название для различных ферментов;

сделать поиск информации в литературных базах данных более эффективным;

получить в других базах данных дополнительную информацию о последовательности аминокислот, пространственной структуре фермента, генах, кодирующих ферментные белки.

Система классификации, разработанная Комиссией по ферментам, включает также и вновь созданную номенклатуру ферментов, которая строится по специальным принципам. Согласно рекомендациям IUBMB, ферменты получают два рода названий: систематическое и рабочее (рекомендуемое). Систематическое название составляется из двух частей. Первая часть содержит название субстрата или субстратов, часто — наименование кофермента, вторая часть указывает на природу катализируемой реакции и включает название класса, к которому относится данный фермент. При необходимости приводится дополнительная информация о реакции в скобках после второй части названия. Систематическое название присваивается только тем ферментам, каталитическое действие которых полностью изучено.

 

Например, систематическое название α-амилазы — 1,4-α-D-глюкан-глюканогидролаза. Конечно, такое название очень неудобно для запоминания и произнесения. Поэтому наряду с систематическими Комиссия по ферментам IUBMB даёт рекомендует использовать рабочие (упрощённые) названия ферментов.

 

Рабочее название фермента должно быть достаточно коротким для употребления. В качестве рабочего названия в ряде случаев может быть использовано тривиальное название, если оно не является ошибочным или двусмысленным. В других случаях оно строится на тех же общих принципах, что и систематическое название, но с минимальной детализацией. Конкретные примеры систематических и рабочих названий ферментов приводятся в следующем разделе данной темы курса. В научных публикациях при первом упоминании о ферменте принято указывать его систематическое название и кодовый номер, а в дальнейшем пользоваться его рабочим названием.

 

Основные правила построения систематических и рабочих названий разных классов ферментов:

Оксидоредуктазы

 

Систематическое название ферментов этого класса строится по схеме донор: акцептор - оксидоредуктаза. Согласно тривиальной номенклатуре, оксидоредуктазы, отщепляющие атомы водорода или электроны и переносящие их на любой акцептор, кроме кислорода, называются дегидрогеназами. Оксидоредуктазы, использующие кислород в качестве акцептора атомов водорода или электронов, называются оксидазами. Некоторые ферменты, которым свойственно преимущественно восстанавливающее действие, носят название редуктаз. Все перечисленные наименования могут быть использованы для построения рабочего названия оксидоредуктаз.

Трансферазы

 

Систематическое название ферментов, ускоряющих такие реакции, составляют по форме донор:акцептор (транспортируемая группа) трансфераза. В рабочем названии обычно указывается только один специфический субстрат или продукт наряду с названием транспортируемой группировки.

Гидролазы

 

Систематическое название составляется по форме субстрат-гидролаза. У гидролаз, специфически отщепляющих определённую группу, эта группа может быть указана в виде префикса. Рабочее название чаще всего составляется из названия гидролизуемого субстрата с добавлением окончания -аэа. Следует, однако, отметить, что вследствие достаточно сложного и зачастую до конца не выявленного характера специфичности многих гидролаз не всегда удаётся дать им систематическое название. В этих случаях рекомендовано использовать эмпирические названия, присвоенные им при первом описании. Так, не имеют систематического названия такие ферменты, как пепсин, папаин, тромбин.

Лиазы

 

Систематическое название ферментов строится по схеме: субстрат-отщепляемая группа-лиаза. Чтобы уточнить, какая группа отщепляется, используются префиксы "карбокси-", "аммиак", "гидро-" и т.д. В качестве рабочих названий ферментов сохраняются тривиальные названия типа "декарбоксилаза", "альдолаза", "дегидратаза", "десульфгидраза". Лиазы делятся на подклассы в зависимости от характера разрываемых связей.

Изомеразы

 

Систематическое название ферментов включает название субстрата и слово изомераза, которому предшествует указание типа реакции изомеризации. Рабочие названия подобны (с некоторыми упрощениями) систематическим названиям.

Лигазы

 

Систематическое название образуется из названий соединяемых субстратов в сочетании со словом лигаза. В скобках указывается продукт, образующийся в результате гидролиза нуклеозидтрифосфата. Рабочее название ферментов этого класса составляется, как правило, из названия продукта реакции в сочетании со словом синтетаза.

 

Знакомясь в последующем с различными ферментативными реакциями, всегда анализируйте сущность изменений, происходящих в субстратах, и пытайтесь определить по крайней мере класс фермента, катализирующего реакцию. Анализируйте также названия ферментов и соотносите их с процессами, происходящими в реакциях. Это облегчит запоминание названий ферментов и катализируемых ими превращение и позволит больше времени уделить уяснению биологической роли изучаемых процессов.

Раздел 2.3 

Характеристика классов ферментов, формирование подклассов и подподклассов.

 

 

1. ОКСИДОРЕДУКТАЗЫ

 

К классу оксидоредуктаз относят ферменты, катализирующие окислительно-восстановительные реакции. Общая схема их может быть представлена следующим образом: