Определение предмета молекулярная биология

 

Отсюда  следует вывод, что  
узнавание и прочное связывание происходит на разных участках ДНК.

Эти участки отличаются и по первичной, и по вторичной структуре. Путем  секвенирования выявили структуру  многих промоторов. У большинства  из них имеется общее свойство.

РНК-полимераза узнает промотор, покрывая 40-60 пар нуклеотидов. В промоторе узнается взаимное расположение двух расплавленных AT-богатых участков. В каждом из них расплавлено 4-6 пар. Центры этих участков находятся в  положенях "-10" и "-35". Принципиально важным является расстояние между расплавленными участками. Оно колеблется от 16 до 19 п.н. Искусственное увеличение этого расстояния до 20 п.н. или уменьшение его до 15 п.н. приводит к тому, что РНК-полимераза не узнает испорченный промотор.

Этапы транскрипции

1. Узнавание и прочное связывание

Как только произошло узнавание (позиция 1), РНК-полимераза перемещается в позицию 2. В каталитическом центре инициации  транскрипции, находящемся в β-субъединице, оказывается +1-ый нуклеотид оперона. Переход из позиции 1 в позицию 2 возможен, если на операторе нет белка-репрессора.

 

Примерно 5% промоторов у прокариот имеют только участок "-10", однако, тем не менее, хорошо узнаются РНК-полимеразой. Такие промоторы  представлены палиндромными последовательностями, принимающими форму креста при суперспирализации кольцевых молекул ДНК.

Определение: палиндромы - последовательности, которые читаются одинаково слева направо и справа налево.

Палиндромы первого  порядка имеют одну ось симметрии, второго - две, третьего - три.

 

2. Инициация заключается в образовании первой фосфодиэфирной связи между пурин-трифосфатом (АТФ или ГТФ) и следующим нуклеотидом. После инициации - фактор покидает фермент.

3. Элонгация - последовательное наращивание цепи РНК (или продолжение транскрипции).

Скорость элонгации 40-50 нукл./сек.

Для комплементарного синтеза РНК  необходим разрыв водородных связей в ДНК. Core-фермент РНК- полимеразы покрывает примерно 40 пар нуклеотидов (4 витка спирали ДНК). Разрыв водородных связей на 4-х витках спирали - очень энергоемкий процесс. Он не был обнаружен при изучении транскрипции.

Показано, что РНК-полимераза переводит ДНК из В-формы в  А-форму. В ней плоскости азотистых оснований не перпендикулярны оси спирали, а наклонены на 20⁰ к перпендикуляру. Это облегчает "выворачивание" двух соседних азотистых оснований в цепи ДНК для того, чтобы напротив них встали комплементарные нуклеотиды РНК. В пользу этого говорит полная идентичность параметров А-формы ДНК и гибрида, состоящего из одной цепи ДНК и одной - РНК. "Мотором" транскрипции является энергия, высвобождающаяся при отщеплении пирофосфата от каждого рибо-НТФ.

Ингибиторы транскрипции прокариот.

Существует  множество ингибиторов транскрипции. Они действуют по разным механизмам и на разных стадиях. Большинство  из них - антибиотики.

Рифампицин - ингибитор инициации.  
Связывается с центром инициации holo-РНК-полимеразы E. сoli.

Стрептолидигин - ингибитор элонгации.  
Связывается с центром элонгации core-РНК-полимеразы E. сoli.

 

4. Терминация.

Специфическая терминация бывает ρ независимой и ρ - зависимой.

При ρ- независимой терминации в терминаторе присутствует палиндром. В синтезируемой РНК формируется шпилька. Шпилька меняет конформацию РНК-полимеразы и фермент теряет сродство к ДНК.

ρ -зависимая терминация.

ρ - фактор - это имеющий четвертичную структуру белок, обладающий АТФ-азной активностью.  
Он способен узнавать 5`-конец синтезируемой РНК длиной приблизительно 50 нуклеотидов, садиться на него и двигаться по РНК с такой же скоростью, с которой РНК-полимераза движется по ДНК.

В терминаторе много  Г-Ц пар (с тремя водородными  связями), вследствие чего РНК-полимераза замедляет ход, ρ - фактор ее догоняет, изменяет конформацию фермента - и синтез РНК прекращается.

 

Схема негативной индукции Жакоба и Моно

Lac-оперон E. coli содержит 3 гена, отвечающие за образование белков, участвующих в переносе в клетку дисахарида лактозы и в ее расщеплении.

Z - β - галактозидаза (расщепляет лактозу на глюкозу и галактозу).

Y- β - галактозидпермеаза (переносит лактозу через мембрану клетки).

А - тиогалактозидтрансацетилаза (ацетилирует галактозу).

В отсутствие в клетке лактозы lac- оперон выключен. Активный белок - репрессор, кодируемый в моноцистронном опероне (LacI) , не имеющем оператора, связан с оператором lac-оперона. Поскольку оператор перекрывается с промотором, даже посадка РНК-полимеразы на промотор невозможна. 

 

Как только некоторое количество лактозы попадает в клетку, две молекулы субстрата (лактозы) взаимодействуют с белком - репрессором, изменяют его конформацию - и он теряеет сродство к оператору.  
Тут же начинается транскрипция lac-оперона и трансляция образующейся mРНК; три синтезируемых белка участвуют в утилизации лактозы.

Когда вся лактоза переработана, очередная порция репрессора, свободного от лактозы, выключает lac-оперон.

Эта схема называется так потому, что контролирующим транскрипцию фактором является негативный фактор, "выключатель" - белок - репрессор. Индукция (включение) происходит при потере сродства белка - репрессора к оператору.

Существует и позитивная регуляция  работы lac-оперона E. coli.

Схема позитивной индукции

Аra-оперон E. сoli.

В нем 3 цистрона, которые кодируют ферменты, расщепляющие сахар арабинозу. В норме оперон закрыт. Белок - репрессор связан с оператором.  

Когда в клетку попадает арабиноза, она взаимодействует с белком - репрессором. Белок - репрессор меняет конформацию и превращается из репрессора в активатор, взаимодейсивующий с промотором и облегчающий посадку РНК-полимеразы на промотор.  

Эта схема регуляции  называется позитивной индукцией, поскольку  контролирующий элемент - белок - активатор "включает" работу оперона.

Схема позитивной репрессии

Оперон синтеза рибофлавина у Вacilus subtilis.

В опероне располагаются цистроны ферментов синтеза рибофлавина. Есть белок-активатор, обеспечивающий посадку РНК-полимеразы на промотор. В норме оперон открыт. Образуется N молекул рибофлавина. 

N+1-ая молекула (лишняя) взаимодействует с активатором и он теряет способность активировать посадку РНК-полимеразы на промотор. 

Позитивная репрессия, поскольку в регуляции участвует  белок - активатор, а сама регуляция  заключается в выключении транскрипции.

Схема негативной репрессии

Оперон синтеза триптофана у E. сoli.

В опероне имеется 5 цистронов, которые  кодируют ферменты последовательной цепи реакций синтеза триптофана. В  норме оперон включен. Белок - репрессор  неактивен (в форме апо-репрессора), он не способен садиться на оператор.  

Клетке нужно N молекул триптофана. N+1-ая молекула взаимодействует с  апо-репрессором. Он меняет конформацию, садится на оператор и синтез РНК  прекращается. 

 

Схема регуляции - негативная репрессия, потому что  белок репрессор "выключает" оперон.

 

Помимо "грубой схемы" включения - выключения, есть и тонкая регуляция  синтеза триптофана - аттенуация( см. лекцию N 9).

Позитивный  контроль работы lac-оперона

Lac-оперон, подчиняющийся схеме негативной индукции, имеет и позитивный контроль.

цАМФ образуется из АТФ ферментом аденилатциклазой.  
Фосфодиэстераза превращает цАМФ в АМФ. 
Глюкоза активирует второй и инактивирует первый фермент.

Чем больше в клетке глюкозы, тем меньше цАМФ.  

 

Если нет глюкозы, то цАМФ соединяется  с белком катаболической репрессии (САР) и образуется комплекс САР·цАМФ, активирующий посадку РНК-полимеразы на промотор. В присутствии лактозы lac-оперон включается и работает. 

Если же в клетке есть еще и глюкоза (более экономичный источнок энергии), то нет цАМФ - и активатор не образуется, lac-оперон работает "вяло", без дополнительной индукции.

Синтез белка в клетке состоит  из двух этапов: рекогниции и собственно синтеза полипептида на рибосоме. Ключевым субстратом рекогниции является транспортная РНК.

Структура транспортной РНК

Транспортные РНК (tРНК) - короткие молекулы (70-90 нукл.), имеющие и вторичную, и третичную структуру.

Вторичная структура - "клеверный  лист". Последовательность CCA на 3'-конце одинакова для всех tРНК. К концевому аденозину (А) присоединяется аминокислота.

Наличие в tРНК тимина (T), псевдоуридина(Ψ ) (в T Ψ C- петле ), и дигидроуридина (ДГУ) (в D-петле) - минорных, т.е. редко встречающихся  в РНК нуклеотидов, указывает на особенности ее строения, необходимые для безошибочного узнавания ферментами, для защиты от действия рибонуклеаз (поэтому tРНК - долгоживущие, в отличие от mРНК).  

Третичная структура в проекции на плоскость имеет форму бумеранга.

Разнообразие первичных структур tРНК - 61+1 - по количеству кодонов (соответственно числу антикодонов в tРНК) + формилметиониновая tРНК, у которой антикодон такой же, как у метиониновой tРНК.

Разнообразие третичных структур - 20 (по количеству аминокислот).

 

 

 

Рекогниция

Определение: рекогниция - это подготовительный этап трансляции, суть которого в образовании ковалентной связи между tРНК и соответствующей аминокислотой.

 

Состоит из двух стадий:

1. Активирование аминокислоты.

2. Присоединение аминокислоты к tРНК - аминоацилирование.

Обе стадии рекогниции осуществляются ферментом аминоацил-tРНК-синтетазой (APC-азой, кодазой). Существует 20 вариантов  кодаз (по числу аминокислот). У каждой кодазы 3 центра опознавания. Каждая АРС-аза  узнает третичную структуру tРНК.

Определение: tРНК, имеющие разную первичную, но одинаковую третичную структуру, акцептируют одну и ту же аминокислоту и называются изоакцепторными tРНК.

 

Есть особая tРНК, которая называется формилметиониновой tРНК. Она узнается метиониновой кодазой, соединяется с метионином и уже после реакции аминоацилирования метионин формилируется специальным ферментом, который узнает эту особую форму tРНК.

Именно с формилметионина начинается синтез любого полипептида у прокариот.  

 

Определение: аминоацилирование - это образование связи между аминокислотой и tPHК.

Следующий этап трансляции - собственно синтез полипептидов, происходит на рибосомах.

Структура рибосом

Рибосомы - немембранные самые мелкие клеточные органеллы, при этом они едва ли не самые сложные. В клетке E. сoli присутствует около 10³-5х10³ рибосом. Линейные размеры прокариотической рибосомы 210 х 290 Å. У эукариот - 220 х 320 Å.

Выделяют  четыре класса рибосом:

1. Прокариотические 70S.

2. Эукариотические 80S.

3. Рибосомы митохондрий (55S - у животных, 75S - у грибов).

4. Рибосомы хлоропластов (70S у высших растений).

 

Определение: S - коэффициент седиментации или константа Сведберга. Отражает скорость осаждения молекул или их компонентов при центрифугировании, зависящую от конформации и молекулярного веса.

 

Каждая рибосома состоит из 2-х  субъединиц (большой и малой).

Прокариотическая рибосома		Эукариотическая рибосома
70S		80S
50S	30S	60S	40S
5S rРНК  23S rРНК	16S rРНК	5S rРНК  5.8S rРНК  28S rРНК	18S rРНК
34 молекулы белков, из них 31 разные	21 белок	не менее 50 разных белков	не менее 33 разных белков

Сложность объясняется тем, что  все элементы рибосом представлены в одном экземпляре, за исключением  одного белка, присутствующего в 4 копиях в 50S субъединице, и не могут быть заменены.

 

rРНК выполняют не только функцию каркасов субъединиц рибосом, но и принимают непосредственное участие в синтезе полипептидов.

23S rРНК входит в каталитический  пептидилтрансферазный центр, 16S rРНК  необходима для установки на 30S субъединице инициирующего кодона mРНК, 5S rРНК - для правильной ориентации аминоацил-tРНК на рибосоме.

Все rРНК обладают развитой вторичной  структурой: около 70% нуклеотидов собрано  в шпильки.

rРНК в значительной степени  метилированы (СН₃-группа во втором положении рибозы, а также в азотистых основаниях).

 

Порядок сборки субъединиц из rРНК  и белков строго определен. Субъединицы, не соединенные друг с другом, представляют собой диссоциированные рибосомы. Соединенные - ассоциированные рибосомы. Для  ассоциации нужны не только конформационные  изменения, но и ионы магния Mg²⁺ (до 2х10³ ионов на рибосому). Магний нужен для компенсации отрицательного заряда rРНК. Все реакции матричного синтеза (репликация, транскрипция и трансляция) связаны с ионами магния Mg²⁺ (в меньшей степени - марганца Mn²⁺).

Каталитические центры рибосом

Асп - центр специфического узнавания.   Здесь происходит взаимодействие кодон-антикодон. Р-центр - пептидильный, донорный.  Он является донором формилметионина при инициации, или пептидила при элонгации трансляции. А-центр - аминоацильный, акцепторный.   Акцептирует формилметионин в самом начале или пептидил при элонгации трансляции. К-центр - каталитический (фермент  пептидилтрансфераза).   В К-центре задействована 23S rРНК и несколько белков большой субъединицы.